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農用微生物菌劑是指目標微生物(有效菌)經過工業化生產擴繁后，利用多孔的物質作為吸附劑(如草炭、蛭石)，吸附菌體的發酵液加工制成的活菌制劑。這種菌劑用于拌種或蘸根，具有直接或間接改良土壤、恢復地力、預防病害、維持根際微生物區系平衡和降解有毒害物質等作用。是未來綠色農業的發展方向。
按劑型可分為：液體、粉劑、顆粒型；
按內含的微生物種類或功能特性可分：為根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑等。
按照復合方式分為：微生物菌劑和復合微生物菌劑
微生物菌劑功能
1、提高產量。實踐證明，微生物菌劑特定的肥料效應不僅為農作物提供營養元素，其有效菌還能分泌赤霉素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節、促進作物的生長發育，有利于農作物增產。
2、改善品質。微生物菌劑能有效地改善農產品品質。實踐證明，施用微生物肥料收獲的農產品，蛋白質、糖分、維生素、氨基酸等有益成份含量明顯提高，籽粒、果實豐滿光滑，蔬菜果品色澤亮麗，既好吃又好看，價值還高。有的微生物肥料產品，還可以減少硝酸鹽的積累，提高農產品的安全性。
3、增強作物的抗逆性能。大多微生物菌劑中的有效菌，具有分泌抗生素類物質和多種活性酶的功能，能抑制或殺死致病菌，降低病害發生及增強作物的抗逆性，如可增強農作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗鹽堿能力，同時還能有效預防作物生理性病害的發生。
4、提高化肥利用率。微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為速效鉀、速效磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。 [2]
5、改善土壤養分。微生物菌劑有效菌能夠促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分的供應能力。有效菌所分泌胞外多糖物質，是土壤團粒結構的粘合劑，能夠增強土壤團粒結構，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有機質，活化土壤中的潛在養分，改善土壤中養分的供應狀況。
檢測產品：
農用微生物菌劑 GB 20287-2006
農用微生物菌劑檢測項目及標準：
(1) 外觀(感官) 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.1)
(2) 有效活菌數(cfu) 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.2)
(3) 霉菌雜菌數 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.3)
(4) 雜菌率 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.4)
(5) 水分 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.5)
(6) 細度 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.6)
(7) pH值 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.7)
(8) 保質期 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.12)
(9) 纖維素酶活 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.10，附錄D)
(10) 蛋白酶活 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.10，附錄D)，工業酶制劑通用試驗方法 QB/T 1803-1993
(11) 糞大腸菌群數 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.8)，肥料中糞大腸桿菌群的測定 GB/T 19524.1-2004
(12) 蛔蟲卵死亡率 農用微生物菌劑 GB 20287-2006(6.3.9)，肥料中蛔蟲卵死亡率的測定 GB/T 19524.2-2004
(13) 砷及其化合物(以As計) 有機-無機復混肥料 GB 18877-2009(5.12)，肥料中砷、鎘、鉛、鉻和汞生態指標 GB/T 23349-2009(4.2)
(14) 鎘及其化合物(以Cd計) 有機-無機復混肥料 GB 18877-2009(5.12)，肥料中砷、鎘、鉛、鉻和汞生態指標 GB/T 23349-2009(4.3)
(15) 鉛及其化合物(以Pb計) 有機-無機復混肥料 GB 18877-2009(5.12)，肥料中砷、鎘、鉛、鉻和汞生態指標 GB/T 23349-2009(4.4)
(16) 鉻及其化合物(以Cr計) 有機-無機復混肥料 GB 18877-2009(5.12)，肥料中砷、鎘、鉛、鉻和汞生態指標 GB/T 23349-2009(4.5)
(17) 汞及其化合物(以Hg計) 有機-無機復混肥料 GB 18877-2009(5.12)，肥料中砷、鎘、鉛、鉻和汞生態指標 GB/T 23349-2009(4.6)
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